دکتر شاهین آقایی، در سال ۱۳۸۳ در دانشگاه علوم پزشکی شیراز، دوره تخصص بیماریهای پوست را به پایان رساند. وی در سال 2008 موفق به دریافت فلوشیپ از انجمن بین المللی پوست (ISD) از دانشگاه چارلز در پراگ، جمهوری چک شد. در سال ۲۰۱۰ موفق به اخذ فلوشیپ جراحی پوست از دانشگاه پزشکی گراتس در اتریش شد که مورد تایید وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی قرار گرفت. وی تنها متخصص بیماریهای پوست میباشد که تا به حال موفق به اخذ فلوشیپ جراحی پوست، مورد تایید وزارت بهداشت شده است. . وی از سال ۲۰۱۶تا به حال سردبیر مجله جراحی پوست در سنگاپور و سالها دانشیار بخش پوست و جراحی پوست در دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی شیراز بوده است. او همچنین عضو انجمنهای پزشکی زیر است: آکادمی پوست آمریکا، آکادمی پوست اروپا، انجمن پزشکی و جراحی لیزر آمریکا، انجمن بینالمللی پوست، انجمن بینالمللی هیپرهیدروزیس، و انجمن پوست ایران. وی نویسنده دهها مقاله منتشر شده در نشریات علمی پوست در جهان و نیز فصول مختلفی از کتابهای درماتولوژی منتشره در آمریکا و اروپا بوده است. وی در سالهای گذشته صدها بیمار مبتلا به سرطانهای پوست را در بیمارستانهای دانشگاهی درمان و به دستیاران پوست آموزش داده است.